O Ensino Fundamental II (do 6º ao 9º ano) é direcionado para o crescimento do aluno, formando jovem para a sociedade atual.
Assim o aluno pode atingir este ideal por meio da educação, onde ele pensa e faz, percebendo melhor o que acontece na sociedade atual, que alia valores e avanços tecnológicos ao conhecimento, onde o Colégio Monteiro Lobato dispõe de uma completa estrutura de ensino, desenvolvendo a ética, o saber, a participação e o progresso desse importante ciclo da educação fundamental, sempre se utilizando do teórico, do prático, do estudo individual e coletivo.
A trajetória da adolescência é orientada em uma proposta pedagógica atenta a construir conhecimento, estimular a criatividade, cidadania da criança e do adolescente e assim promover uma ação educativa integrada e inovadora capaz de preparar as crianças e jovens para atuarem como cidadãos e ajudar na sua socialização.